ปัญหาที่สำคัญของการทำวิจัยในประเทศไทยมี 2 ประการคือ 1) สังคมไทยเป็นสังคมที่ให้ความสำคัญกับผลลัพธ์มากกว่ากระบวนการ 2) ความเข้าใจผิดที่ว่า ผลลัพธ์สุดท้ายของการวิจัยนั้นเพื่อให้ได้ตีพิมพ์มากกว่าสนใจความถูกต้องของกระบวนวิธี เพราะยึดถือกันเพียงว่าการวิจัยเป็นการสร้างองค์ความรู้ แต่ในความเป็นจริงการวิจัยเป็นเรื่องระบบคิด ซึ่งความเข้าใจเกี่ยวกับคำว่าวิธีวิทยาการวิจัยนั้น มีอยู่ 2 กลุ่ม กลุ่มที่ 1 เข้าใจว่าเป็นเทคนิควิธี อีกกลุ่มหนึ่งเข้าใจว่าเป็นวิธีคิดหรือระบบการคิด