5 ปัญหาใหญ่ของ SMEs เป็นหนี้นอกระบบมากที่สุด ได้แก่ 1. ปัจจัยที่เป็นอุปสรรคด้านการตลาดและการแข่งขัน ซึ่งผู้ประกอบการให้ความสำคัญอันดับแรก คือตลาดในประเทศหดตัว (กำลังซื้อลดลง) รองลงมาคือถูกแข่งขันจากผู้ประกอบการรายใหม่และธุรกิจเดียวกันจากต่างประเทศ 2. ปัจจัยที่เป็นปัญหาด้านการเงินและการบัญชี ซึ่งผู้ประกอบการพบมากได้แก่ การธนาคารไม่ปล่อยกู้ เนื่องจากขาดหลักทรัพย์ค้ำประกัน รองลงมาคือการติดต่อกับสถาบันการเงินซึ่งมีขั้นตอนยุ่งยากและการทำบัญชีไม่เป็นระบบ 3. ปัจจัยที่เป็นอุปสรรคด้านกฎระเบียบและนโยบายของรัฐบาล ผู้ประกอบการเห็นว่าระบบภาษีเงินได้นิติบุคคลที่เป็นระบบเดียวกันทั้งอุตสาหกรรมขนาดใหญ่ ขนาดกลาง และขนาดย่อม ไม่เป็นธรรมเนื่องจากขีดความสามารถในการแข่งขันของ SMEs อยู่ในระดับต่ำกว่าผู้ประกอบการขนาดใหญ่อีกทั้งฐานะทางการเงินก็อยู่ในระดับที่อ่อนแอกว่าจึงควรได้รับการผ่อนปรนด้านภาษีเงินได้มากกว่าธุรกิจขนาดใหญ่ ส่วนนโยบายของรัฐที่เป็นอุปสรรคสำคัญคือหน่วยงานของรัฐที่รับผิดชอบมีมากแต่ขาดความเป็นเอกภาพต่างคนต่างทำ 4. ปัจจัยที่เป็นอุปสรรค ด้านบุคลากรและแรงงานได้แก่ การเคลื่อนย้ายแรงงานในระดับสูงและขาดแคลนงานทักษะ 5. ปัจจัยที่เป็นปัญหาต่อการบริหารจัดการคือการบริหารงานแบบครอบครัว ไม่เป็นระบบ เมื่อการแข่งขันทวีความรุนแรงขึ้นความสามารถในการตอบสนองต่อลูกค้าอยู่ในเกณฑ์ต่ำทำให้ธุรกิจประสบปัญหา.