การใช้ฟลูออไรด์ในการป้องกันฟันผุนั้นนิยมใช้กันอย่างแพร่หลายทั่วโลก ซึ่งเริ่มตั่งแต่ช่วงต้นศตวรรษที่ 20 โดยประชาชนในสหรัฐอเมริการ การป้องกันฟันผุของฟลูออไรด์นั้นเกิดขึ้นได้ 2 วิธีหลัก คือ ฟลูออไรด์จะเข้าแทนที่หมู่ไฮดรอกซีแอปาไทต์ ก่อให้เกิดเป็นฟลูออไรด์แอปาไทต์ ซึ่งเป็นสารที่มีเสถียรภาพสูงและทนทานต่อสภาวะที่เป็นกรดในช่องปาก และอีกหลักการหนึ่งคือ ฟลูออไรด์จะสามารถขัดขวางปฏิกิริยาการเปลี่ยนน้ำตาลเป็นกรดของคราบจุลินทรีย์และยับยั้งการก่อตัวและการเจริญของคราบจุลินทรีย์บนเคลือบฟันได้