ชนิดพันธุ์ต่างถิ่นที่แพร่ระบาดในระบบนิเวศป่าไม้ของประเทศไทยที่เห็นได้ชัดที่สุดจะเป็นพืชต่างถิ่น พืชต่างถิ่นเหล่านี้ส่วนใหญ่จะคุกคามระบบนิเวศออื่นๆ เช่น ระบบนิเวศเกษตร ระบบนิเวศทางบกที่ไม่รวมป่าไม้ และระบบนิเวศทางน้ำ แต่สามารถระบาดและคุกคามระบบนิเวศป่าไม้ด้วย พืชต่างถิ่นที่พบว่าเข้าไประบาดไม่มากก็น้อยในระบบนนิเวศป่าไม้ของประเทศไทยที่สำคัญ ๆ เช่น สาบหมา สาบเสือ โคลงเคลงขนต่อม หญ้ายาง ผกากรอง ขี้ไก่ยาน ไมยราบเลื้อย ไมยราบยักษ์ หญ้าขจรจบ และบัวตอง วัชแมลงที่จัดว่าเป็นชนิดพันธุ์ต่างถิ่นที่รุกรานในระบบนิเวศป่าไม้ที่สำคัญ เช่น แมลงหวี่ขดลวด เพลี้ยไฟไทรคิวบา และเพลี้ยไก่ฟ้ากระถิน