การดำเนินงานของสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) ใน 6 ปีแรกตั้งแต่วันที่ 20 สิงหาคม 2542 - 19 สิงหาคม 2548 จะเน้นการประเมินเพื่อการปรับปรุงพัฒนา โดยไม่มีการรับรองหรือไม่รับรองมาตรฐาน จะไม่มีการเปรียบเทียบระหว่างสถานศึกษา แต่เป็นการเปรียบเทียบกับตัวเอง นั่นคือมีการกำหนดแผนมาตรฐานไว้ สถานศึกษาทำได้มากน้อยเพียงใด ดดยทาง สมศ. มอบหมายผู้ประเมินภายนอกมาทำการประเมิน เพื่อยืนยันสภาพจริงว่าเป็นอย่างไร รวมทั้งการใช้ข้อเสนอแนะที่เป็นประโยชน์ในการปรับปรุงและพัฒนาคุณภาพของสถานศึกษาให้มีคุณภาพมากยิ่งขึ้น