เกาะพะงันตั้งอยู่กลางอ่าวไทยในเขตน่านน้ำจังหวัดสุราษฎร์ธานี หลายร้อยล้านปีมาแล้ว หากมุดน้ำไต่ไปตามแนวเขตจะพบว่าพื้นที่เกาะเป็นส่วนเหนือสุดของเทือกเขาหลวง แนวกำแพงธรรมชาติที่สำคัญของเทือกเขานครศรีธรรมราช บนเกาะจึงมีความหลากหลายทางธรรมชาติสูง โดยเฉพาะทรัพยากรป่าไม้ที่อุดมสมบูรณ์เป็นแหล่งลำธารที่สำคัญจนเกิดเป็นน้ำตกหลายสายเลี้ยงชาวพะงันมานานแสนนานใต้ผืนน้ำยังล้อมรอบไปด้วยแนวปะการังที่อุดมสมบูรณ์ บริเวณนี้จึงถูกกำหนดให้เป็นเขตปลาทูวางไข่ที่สำคัญของประเทศ